1.总分公司企业所得税汇算清缴先后顺序？独立核算的分支机构是否要汇总纳税？
答：根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）的规定：
“…… 第二条 居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。
…… 第三条 汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法：
…… 第五条 以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
…… 第十条 汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
…… 第二十四条 以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。 按上款规定视同独立纳税人的分支机构，其独立纳税人身份一个年度内不得变更。 ……”
因此，总公司先办理汇算清缴；分支机构根据上述文件规定办理汇总纳税，不区分是否独立核算。
2.新设立的二级分支机构,是否需要分摊企业所得税？
答：不需要就地分摊预缴。根据《国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定：
“…… 第五条 以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税： …… （三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。”
3.当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，是否就地预缴企业所得税？
答：不就地分摊预缴。根据《国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定：
“…… 第五条 以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税： …… （四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。”
4.新成立的分公司当年需要分摊缴纳企业所得税吗？
答：根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定：“…… 第五条 以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税： …… （三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。”
5.企业所得税汇总纳税，总分机构如何计算分摊税款？
答：根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012 年 第 57 号）规定：
“…… 第十三条 总机构按以下公式计算分摊税款： 总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50% 第十四条 分支机构按以下公式计算分摊税款： 所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50% 某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例 第十五条 总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下： 某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）×0.30 分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第（四）项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。”
6.跨省总分支机构是否可以独立申报企业所得税？
答：根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定：
“…… 第二十四条以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。 按上款规定视同独立纳税人的分支机构，其独立纳税人身份一个年度内不得变更。”
一般情况下分支机构应汇总纳税，但分支机构如果符合上述规定，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
7.总分机构汇总缴纳企业所得税，预缴及汇算清缴时按什么原则处理？
答：根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012 年 第 57 号）规定：
“…… 第二条 居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。
…… 第三条 汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法：
（一）统一计算，是指总机构统一计算包括汇总纳税企业所属各个不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
（二）分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
（三）就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
（四）汇总清算，是指在年度终了后，总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。
（五）财政调库，是指财政部定期将缴入中央国库的汇总纳税企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方国库。”
8.总公司是高新企业，分公司是否可以适用15%的税率？
答：现行企业所得税实行法人税制。根据《中华人民共和国企业所得税法》规定：“第五十条 ……居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。” 根据《关于高新技术企业境外所得适用税率及税收抵免问题的通知》（财税〔2011〕47号）规定：
“一、以境内、境外全部生产经营活动有关的研究开发费用总额、总收入、销售收入总额、高新技术产品（服务）收入等指标申请并经认定的高新技术企业，其来源于境外的所得可以享受高新技术企业所得税优惠政策，即对其来源于境外所得可以按照15%的优惠税率缴纳企业所得税，在计算境外抵免限额时，可按照15%的优惠税率计算境内外应纳税总额。
…… 四、本通知自2010年1月1日起执行。” 根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定：“…… 第二条 居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。 第三条 汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法：
（一）统一计算，是指总机构统一计算包括汇总纳税企业所属各个不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额、应纳税额。 （二）分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
（三）就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
（四）汇总清算，是指在年度终了后，总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。
（五）财政调库，是指财政部定期将缴入中央国库的汇总纳税企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方国库。” 因此，高新技术企业总分机构按上述规定，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”征收管理办法计算享受15%税率优惠。涉及境外所得的，以境内、境外全部生产经营活动有关的研究开发费用总额、总收入、销售收入总额、高新技术产品（服务）收入等指标申请并经认定的高新技术企业，其来源于境外的所得可以享受高新技术企业所得税优惠政策，即对其来源于境外所得可以按照15%的优惠税率缴纳企业所得税，在计算境外抵免限额时，可按照15%的优惠税率计算境内外应纳税总额。
9.视同独立纳税人缴税的二级分支机构是否可以享受小型微利企业所得税减免政策？
答：现行企业所得税实行法人税制，企业应以法人为主体，计算并缴纳企业所得税。《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”。由于分支机构不具有法人资格，其经营情况应并入企业总机构，由企业总机构汇总计算应纳税款，并享受相关优惠政策。
10.跨地区经营的汇总纳税企业发生的资产损失应如何申报扣除？
答：根据《国家税务总局关于发布<企业资产损失所得税税前扣除管理办法>的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）规定：“ 第十一条 在中国境内跨地区经营的汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除： （一）总机构及其分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定，各自向当地主管税务机关申报外，各分支机构同时还应上报总机构； （二）总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向当地主管税务机关进行申报； （三）总机构将跨地区分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向当地主管税务机关进行专项申报。”
